Alasan pertama; yang sering diungkapkan diungkapkan adalah tujuan dan filosofi imunisasi itu sendiri. Kaum naturalis menilai bahwa secara alamiah tubuh manusia sudah memiliki mekanisme pembentukan kekebalan sendiri yang mampu mencegah berbagai penyakit. Penggunaan vaksin justru bisa menimbulkan efek samping yang membahayakan si anak, antara lain mereka akan rentan dan lebih mudah terkena penyakit lain.

Masalah lain yang sering menjadi alasan penolakan adalah penggunaan bahan-bahan dalam proses pembuatan vaksin yang memang tidak sepenuhnya halal. Dalam proses pembuatan vaksin tersebut banyak melibatkan bahan penolong atau media yang bersumber dari zat-zat yang haram atau subhat. Masalah inilah yang lebih rasional dan semestinya dilakukan kajian mendalam. Kalau memang harus dilakukan imunisasi menggunakan vaksin, maka sebaiknya ia diproduksi secara halal dengan bahan baku, bahan penolong dan media yang benar-benar halal.

Tidak Sepenuhnya Halal

Sampai saat ini diakui oleh pakar kedokteran dan produsen obat bahwa proses pembuatan dan produksi vaksin ini tidak sepenuhnya halal. Misalnya penggunaan media tumbuh dalam proses produksi virus yang dilemahkan yang menggunakan media dari ginjal gera, ginjal babi, bahkan juga janin manusia yang digugurkan. Selain itu pada tahapan tertentu dalam proses produksi vaksin juga digunakan enzim tripsin yang bisa bersumber dari babi.

Sebagai contoh dalam proses pembuatan Vaksin Polio Inaktif (IVP), Virus Polio dikembangbiakkan menggunakan sel vero (berasal dari ginjal kera) sebagai media. Proses produksi vaksin ini melalui tahapan sebagai berikut:
1. Penyiapan medium (sel vero) untuk pengembangbiakan virus
2. Penanaman/inokulasi virus
3. Pemanenan virus
4. Pemurnian virus
5. Inaktivasi/atenuasi virus

Penyiapan media (sel vero) untuk pengembangbiakan virus dilakukan dengan menggunakan mikrokarier, yaitu bahan pembawa yang akan mengikat sel tersebut. Bahan tersebut adalah N,N diethyl amino ethyl (DEAE). Pada proses selanjutnya sel vero ini harus dilepaskan dari mikrokarier menggunakan enzim tripsin yang berasal dari babi.

Tahap selanjutnya adalah pembuangan larutan nutrisi. Hal ini dilakukan dengan proses pencucian menggunakan larutan PBS buffer. Larutan ini kemudian dinetralkan dengan menggunakan larutan serum anak sapi (calf serum). Larutan yang tidak digunakan tersebut dibuang atau menjadi produk samping yang digunakan untuk keperluan lain.

Sel-sel vero yang sudah dimurnikan dan dinetralisasi itu kemudian ditambahkan mikrokarier yang baru dan ditempatkan di bioreactor yang lebih besar. Di dalamnya ditambahkan zat nutrisi yang sedikit berbeda untuk menumbuhkan sel vero dalam jumlah yang lebih besar. Sel vero yang sudah bertambah jumlahnya ini kemudian dilepaskan lagi dari mikrokariernya dengan tripsin babi lagi. Proses ini berlangsung secara berulang-ulang sampai dihasilkan sel vero dalam jumlah yang diinginkan.

Titik kritis ditinjau dari sudut kehalalan dalam pembuatan sel vero ini adalah penggunaan enzim tripsin. Tripsin digunakan dalam proses pembuatan vaksin sebagai enzim proteolitik (enzim yang digunakan sebagai katalisator pemisahan sel / protein). Tripsin dipakai dalam proses produksi OPV (Oral Polio Vaccine) dan IPV (Inactivated Polio Vaccine). Masalahnya, enzim tripsin ini merupakan unsur derivat (turunan) dari pankreas babi.

Sebenarnya dalam setiap tahapan amplifikasi sel, tripsin harus dicuci bersih oleh karena Tripsin akan menyebabkan gangguan pada saat sel vero menempel pada mikrokarier. Hal ini menyebabkan produk akhir vaksin yang dihasilkan tidak akan terdeteksi lagi unsur babinya. Namun karena digunakan sebagai bahan penolong dalam proses pembuatannya, inilah yang memerlukan kejelasan status kehalalannya.

Tahap selanjutnya dalam proses pembuatan vaksin ini adalah perbiakan sel vero menjadi produk bulk yang siap digunakan. Dalam tahap ini dilakukan proses amplifikasi (pembiakan sel dengan mikrokarier) , pencucian sel vero dari tripsin, inokulasi virus, panen virus, filtrasi, pemurnian dan inaktivasi. Pada proses pencucian hingga inaktivasi tersebut sebenarnya sudah tidak melibatkan unsur babi lagi.

Dari keterangan tersebut dapat diketahui bahwa proses pembuatan vaksin folio masih melibatkan unsur haram dalam proses pembuatannya sebagai bahan penolong, yaitu penggunaan enzim tripsin. Sebenarnya pada tahap selanjutnya enzim ini akan mengalami proses pencucian, pemurnian dan penyaringan, hingga pada produk akhirnya tidak terdeteksi lagi. Namun karena sudah tersentuh unsur haram dan najis, maka hal ini masih menimbulkan keraguan pada status kehalalannya.